Synopsis

En l'an 2000, une gigantesque explosion se produit en Antarctique provoquant un cataclysme (raz-de-marée, fonte des calottes polaires) qui dévaste une grande partie de la planète.
Les autorités déclarent que cette catastrophe est due à la chute d'un astéroïde.

Quinze ans plus tard, l'Humanité a surmonté cet événement appelé le Second Impact.
Mais de mystérieuses créatures nommées Anges font leur apparition et tentent de détruire Tokyo-3, la nouvelle capitale-forteresse du Japon construite après le Second Impact.

Pour les combattre, l'organisation secrète NERV a mis au point une arme ultime, l'« Evangelion » ou « EVA », géant anthropoïde piloté comme une simple machine, qui est en réalité une créature bien mystérieuse.

Quatorze ans se sont écoulés depuis la fin du Near Third Impact.
Après le Fourth Impact, Asuka Shikinami Langley guide Shinji Ikari et Rei Ayanami afin de retrouver la WILLE.
Pendant ce temps, cette dernière continue son combat contre la NERV...