Synopsis

L’histoire se déroule en 2027, un an après la fin de la quatrième guerre mondiale. Une bombe a explosé dans la ville de Newport, tuant un important marchand d’armes qui pourrait être lié à là mystérieuse organisation 501.

L’agent de police Daisuke Aramaki engage la cyborg Motoko Kusanagi pour mener l’enquête, mais elle est épaulée sur cette affaire par Batou « l’½il qui ne dort jamais », qui pense que Kusanagi est une criminelle, Togusa, un agent de la police municipale qui enquête sur une série de meurtres de prostituées et qui pense qu’il existe un lien avec cette affaire, et le Lieutenant Colonel Kurtz de l’organisation 501 qui souhaite également garder un ½il sur Kusanagi.